Механизм применения НДС зависит от выставленных значений:
в карточках клиентов при поставке товара
и собственных реквизитах при отпуске товара.
Признак "Плательщик НДС" / "Без налога (НДС)" действует на каждый документ отдельно и механизм применения НДС можно оперативно менять.
Если поставщик плательщик НДС, то при оприходовании в карточке товара можно выставлять соответствующую ставку НДС (по умолчанию берется из справочника).
При отпуске товара, если организация или ИП плательщики НДС, то НДС начисляется по соответствующей ставке, которая берется из справочника товара.