На капитана морского порта возлагается осуществление следующих функций:

• контроль за соблюдением международных договоров Российской Федерации, относящихся к торговому мореплаванию, и законодательства Российской Федерации о торговом мореплавании;
• государственная регистрация судов и выдача соответствующих судовых документов;
• регистрация права собственности на суда и строящиеся суда, ипотеки судна или строящегося судна и иных прав на них, выдача соответствующих документов;
• выдача дипломов, квалификационных свидетельств, подтверждений их выдачи и удостоверений личности моряка членам экипажей судов;
• проверка судовых документов, дипломов, квалификационных свидетельств и подтверждений выдачи дипломов и квалификационных свидетельств;
• контроль за соблюдением требований, касающихся порядка захода судов в порт и выхода их из порта;
• оформление прихода судов в морские порты и выхода их из морских портов;
• контроль за деятельностью лоцманской службы и системой управления движением судов;
• контроль за ледокольной проводкой судов на подходах к порту и в пределах акватории порта;
• выдача разрешений на подъем затонувшего в море имущества и проведение в порту строительных, гидротехнических и иных работ;
• обеспечение транспортной безопасности акватории морского порта, в том числе принятие мер по предотвращению, прекращению незаконных нахождения и передвижения морских и иных судов в акватории морского порта;
• информирование уполномоченных в области транспортной безопасности федеральных органов исполнительной власти об угрозе совершения или о совершении актов незаконного вмешательства в морском порту.